خلال ستينيات القرن الماضي كان الطوارق الذين يقيمون في شمال مالي وشمال النيجر يطالبون بضمهم إلى المغرب. ومن بين أبرز قادة المنطقة الذين كانوا يعتبرون أنفسهم مغاربة محمد علي الأنصاري الذي توفي في المغرب سنة 1994.
لم تعد العلاقات بين الجزائر ومالي على ما يرام. ففي حلقة جديدة من التصعيد بين وزراء خارجية البلدين، صدر بيان شديد اللهجة من باماكو يتهم الجزائر بدعم مجموعات إرهابية.
بعد الاتهامات التي وجهها رئيس الوزراء المالي في الجمعية العامة للأمم المتحدة للجزائر، دعم الممثل الدائم للمغرب لدى الأمم المتحدة موقف باماكو بشأن الدور المريب للجزائر في منطقة الساحل والصحراء.